《表1 MM-GBSA方法计算的抑制剂与BRD4(1)的结合自由能》

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《抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究》

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a表中所有能量单位均是kcal·mol-1.bΔGele+pol=ΔEele+ΔEpol.cΔGbind=ΔEele+ΔEvd W+ΔGpol+ΔGnopol-TΔS.d实验值用方程ΔGexp≈RTln IC50求得，其中IC50的值取自参考文献[23].

为揭示影响抑制剂结合的主要因素，比较了两种抑制剂和BRD4（1）的结合亲和力的差异．在我们的研究中，通过使用MM-GBSA方法有效地估计了两种抑制剂对BRD4（1）的结合自由能．对于每个结合抑制剂的系统，从记录在最后80 ns的分子动力学轨迹中以400 ps的时间间隔提取了200个构象用于计算．表1中的结果显示计算的结合自由能的趋势与实验值的趋势一致，这表明我们目前的自由能分析是可靠的．如表1所示，结合自由能分为五个部分，即范德华相互作用（ΔEvdw），静电相互作用（ΔEele），极性溶解自由能（ΔGpol），非极性溶解自由能（ΔGnopol）和熵变贡献（-TΔS）.