《表2 每个系统中的结合自由能 (kcal/mol)》

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《天然药物牛蒡苷元直接靶向STAT3抑制三阴性乳腺癌的分子对接及分子动力学研究》

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注:相对于静态平衡系统，在动态系统中结合自由能的平均贡献，计算了每个系统的最后50 ns的平衡轨迹。△Eele表示动力学静电力；△Evdw是动力学范德华力；△GSA表示极性溶剂化自由能组分；而△GGB表示非极性溶剂化自由能组分；△Gbind表示结合自由焓；-T△S为结合熵变；绝对自由能△△

为了验证Atn对STAT3的转录活性的影响，我们检测了STAT3下游靶基因的表达。图3A～D显示，经Atn处理后的MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞系Cyclin D1和Mcl-1的mRNA和蛋白表达水平降低显著下调。STAT3-Y705磷酸化有两种质子化状态，Y1P和Y2P[26]，为了检测DNA和STAT3-WT或STAT3-Y705磷酸化复合物之间的结合自由能和相互作用谱，我们采用MM-GBSA方法计算了两个系统的绝对结合自由能值。STAT3-Y1P-DNA和STAT3-Y2P-DNA复合物的相应总结合自由能值分别为-280.26 kcal/mol和-368.38kcal/mol（表2）。这些结果表明蛋白STAT3-Y2P对DNA的结合亲和力较高，与STAT3-Y1P-DNA复合物相比，STAT3-Y2P与DNA的结合自由能增加88.12 kcal/mol。我们得出结论，Y2P是最有利的质子化状态。