《表2 WT_TBM和P197S_TBM的结合自由能和组分(kcal/mol)》

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《乙酰乳酸合成酶抗性突变的分子动力学模拟》


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采用MM-PBSA计算WT_TBM体系和P197S_TBM体系的ΔGbind。由表2可知,WT_TBM体系的结合自由能为-4.18 kcal/mol,突变后P197S_TBM体系的结合自由能为-8.70 kcal/mol,ΔGbind为负值,说明2种复合物均自发形成键合作用。比较二者结合过程中释放的自由能可知突变体系中的结合力更强,说明P197S位点突变促进了ALS与苯磺隆结合。从2个体系的能量组成来看,WT_TBM体系结合的主要驱动力来自静电能(ΔEele=-134.68 kcal/mol)、范德华力能(ΔEvdw=-51.61 kcal/mol)和非极性溶剂能(ΔGnopolar=-33.27 kcal/mol),而溶剂化能和极性溶剂能不利于野生体系结合的力量。突变体系的促结合能量与抑制结合能量类型均相同,促结合能量项数值均比野生型能量分项数值略大,抑制结合能量略小,故表现为数值更低的总结合自由能。