《表1 SN与MD-2蛋白对接构象的聚类和结合自由能分析》

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《基于分子对接方法的青藤碱对TLR4受体的分子作用机制研究》

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注:聚类分析中rmstol设为2，rmsmode设为atype（即计算所有原子的RMSD值）。

分别将1个SN分子，2个SN分子，3个SN对接到MD-2空腔内，分子对接后的构象聚类情况及结合自由能如表1所示。