《表1 5轮优化过程中结合自由能的大小》

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《基于计算机模拟技术优化筛选核酸适配体的初探》

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注：ND表示未对接上。

如表1，第1轮突变结果显示，当对所有碱基进行单点突变后，G34突变为U34后结合能最小，为-22.60 kcal·mol-1，将原适配体S0中的G34改为U34即GGGAAGAAACUGUAUC(S1）；以此为基础，对S1进行第2轮突变，当A12突变为C12后，结合能最小，为-24.09 kcal·mol-1，将S1中的A12改为C12即GGGAAGCAACUGUAUC(S2）；对S2进行第3轮突变，当G11突变为U11后，结合能最小，为-25.75 kcal·mol-1，将S2中的G11改为U11即GGGAAUCAACUGUAUC(S3）；对S3进行第4轮突变，当A10突变为G10后，结合能最小，为-26.05 kcal·mol-1，将S3中的A10改为G10即GGGAGUCAACUGUAUC(S4）。迭代优化至S4，继续对S4进行第5轮筛选时发现能量最低的一次突变是将A9变为C9，此时结合能最小为-25.20 kcal·mol-1，明显大于S4与AMP的结合能量-26.05 kcal·mol-1，说明此轮突变并没达到提高适配体与AMP的结合能力的目的，故对AMP核酸适配体来说，优化的最佳结果为S4。如图3，是S4与AMP的分子对接结果示意图。