《表3 代表化合物TM-18和啶酰菌胺与猪心来源SDH的计算结合自由能》

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《含二苯醚结构单元的新型烟酰胺类衍生物的合成及杀菌活性研究》

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kcal/mol

为了研究目标化合物与靶标蛋白的作用模式，将酶抑制活性较好的代表化合物TM-18和啶酰菌胺分别与猪心来源SDH进行了分子对接，结果发现啶酰菌胺的酰胺氧原子与B＿W173残基和D＿Y91残基形成两个氢键（图5(A））；吡啶环与C＿R46残基形成π-cation相互作用；联苯的中间苯环处于C＿I30、C＿W35、C＿I43和B＿W172残基形成的疏水口袋中。代表化合物TM-18的结合模式（图5(B））与啶酰菌胺类似，其酰胺氧原子与B＿W173残基和D＿Y91残基形成两个氢键；吡啶环与C＿R46残基形成π-cation相互作用；二苯醚的中间苯环部分同样处于SDH的疏水口袋中。此外，化合物TM-18二苯醚的末端苯环与D＿Y91残基形成π-π相互作用，与C＿I43残基和B＿W173残基形成疏水相互作用，以上作用使得化合物TM-18与SDH结合时有较强的范德华力，如表3所示，其ΔEvdw为-48.41 kcal/mol，绝对值大于啶酰菌胺与SDH的ΔEvdw(-40.76 kcal/mol）绝对值。