《表2 金钱松测序数据转录本及Unigene组装统计》

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《中国濒危植物金钱松转录组测序及生物信息学分析》

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对测序所得的高质量数据进行de novo组装。首先，将具有一定重叠长度的clean reads组合形成重叠群（Contigs），即转录本不包含Gap的共有转录物片段，共获得了84 247条重叠群。为了检测重叠群来源于相同的转录本，将双末端读数（paired-end reads）映射回重叠群。每一个reads匹配不同的Contigs，通过Trinity软件将两个Contigs连接，得到84 247条转录本，总长度为67 383 281 bp，转录本的平均长度为800 bp，N50（累加转录本的长度不小于总长50%）的长度为1 503 bp（表2），取每条基因中最长的转录本作为Unigene进行后续分析。共得到70 761条Unigene，平均长度为699 bp，N50的长度为1 300 bp（表2）。转录本与Unigene长度分布比较接近，其中200～500 bp的Unigene最多，共有45 285条，占总数的65%；500～1 000 bp有11 065条Unigene，占总数的16%；1～2 kbp有9 162条Unigene，占总数13%，大于2 kbp的有5 249条，占总数的7%。从组装结果来看，不论是转录本还是Unigene，N50长度均大于其平均长度，且达到了1 kbp以上，说明组装效果比较好。