《表1 拉木加和水晶3号转录组测序,比对及组装基本数据》

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《基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发》

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拉木加和水晶3号花后14 d灌浆籽粒样品经RNA提取、建库测序、原始数据过滤处理，分别得到20 796 046个和23 059 846个可靠的2×150 bp Clean reads。Clean reads经过Tophat软件比对分别有79.40%和86.10%的clean reads可以比对到参考转录组序列上。再通过Trinity软件进行有参考转录组拼接，分别组装出42 415和42 455条Unigene序列，序列平均长度分别为977 bp和1 054 bp，N50分别为1 365 bp和1 429 bp（表1）。