《表2 不同方法得到的拉木加和水晶3号之间差异InDel在各条染色体上的分布》

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《基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发》

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拉木加和水晶3号两个转录组组装序列经过BLAST比对后，对两个品种序列进行InDel提取，两个品种组装序列间共有1 343个InDel差异，每条染色体上的In Del数62～182个不等（表2）。检测到的InDel的长度从1～22 bp不等，但绝大多数InDel为1～5 bp的短InDel（图1A）。两品种组装序列经过BWA软件比对到参考转录组上以后，通过Samtools软件提取InDel并以QUAL20为标准进行筛选，共得到200个InDel，InDel长度变异从1～50 bp，但大多数为10 bp以下的InDel（图1B）。