《表2 SNP在染色体上的分布》

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《菠菜雌雄同株性状的全基因组关联分析》

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对82份菠菜高代自交系植株进行重测序，测序深度为10×，共获得约100.25 Gb的原始数据。利用fastp 0.12.0 (https：//github.com/OpenGene/fastp，参数-q20，其余为默认参数）对原始数据进行过滤，总共获得992.52 Gb的过滤数据。利用PopSeq2Geno软件对过滤后的数据与菠菜参考基因组进行比对，共获得3 420 496个SNP。进一步通过MAF (0.05）和缺失度（0.05）过滤后，共获得1 621 970个高质量的SNP。其中有778 010个SNP均匀分布在6条染色体上，SNP间的平均距离为0.60 kb（表2）；剩余843 960个SNP分布在拼接体（scaffold）上。