《表1 转录组数据组装质量统计》

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《棉花愈伤组织诱导与形成的转录组分析》

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注:HY1，HY2与HY3为下胚轴3个重复；NEC1，NEC2与NEC3为非胚性愈伤组织的3个重复

为了分析棉花外植体（下胚轴）在诱导愈伤组织过程中的转录水平变化，分别对棉花外植体（下胚轴）和外植体诱导培养45 d的非胚性愈伤组织构建测序文库，并送联川生物进行测序，处理的生物学重复为3次。下胚轴和愈伤组织分别获得约7.85 Gb和8.74 Gb测序数据。转录组数据的组装质量表明，各处理的GC含量为43.50%～44.50%，各处理Q30的比例全部大于95%（表1）。测序产生的原始数据（Raw data）过滤掉不合格的序列后，各处理均有超过98%的有效片段。将有效片段跟陆地棉TM-1比对，每个处理均有超过65%的唯一比对到基因组一个位置的片段用于数据分析（表2）。