《表1 光皮树叶片转录组数据组装得到的Transcript和Unigenes各项指标的统计》

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《木本油料植物光皮树叶片转录组测序与分析》

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光皮树为无参考基因组的转录组研究，在获得RNA-seq测序数据后，需要将所有测序读段从头组装，生产重组群和单一序列，此项工作是后续数据处理及分析其生物学功能的基础。利用软件（Trinity）对所有Clean data进行从头组装，组装得到的Transcript数目为74 694，同一基因会出现两个或多个Transcript，取最长的Transcript作为Unigene，数目为36 839。组装得到所有Unigene和Transcript的碱基数分别为31 520 520和67 270 566；GC碱基总数占总碱基数量的42.27%和41.88%；最长转录本/Unigene长度为6 320/6 320 bp；最短转录本/Unigene长度为201/201 bp；所有转录本/Unigene平均长度为855.63/900.62 bp。按照转录本将组装转录本从小到大排序，累加转录本的长度到总长度的50%和90%时，对应转录本的长度分别为1 376 bp、346 bp和1 301 bp、430 bp （表1）。转录组数据长度分布显示（表2），长度在1～400 bp数量最多，其次是400～800 bp，片段多集中在1～1 000 bp，长度越长所占比例越少，长度超过2 800 bp的所占比例不到1%。