《表1 光皮树叶片转录组Unigene SSR搜索》

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《木本油料植物光皮树SSR特征分析及其SSR-PCR反应体系优化》


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采用软件MISA(1.0版),对光皮树叶片的36839条Unigene进行SSR搜索,发现有8 945条Unigene有SSR (表1),占总数的24.3%。共检测到SSR位点12 538个,出现频率约为2 514 bp/个。其中含有2个及2个以上SSR位点的Unigene有1 576条,化合物形成中存在SSR的Unigene有1 711条,复合SSR两个位点之间,最远碱基间隔数为100。SSR长度范围在10~329 bp,平均长度为22.69 bp。SSR位点中,完整型和混合型位点个数为11 050和1 488,分别占总数的88.13%和11.87%。其中一条Unigene中含有5、4、3、2、1个SSR位点的分别有11、37、199、1 329、8 540条(图3)。SSR丰富度依次为二、一、三、四、六、五核苷酸,分别为7 282、3 388、1 675、96、59、38个SSR (图3)。