《表2 转录组denovo组装结果统计》
使用Trinity(http://trinityrnaseq.sourceforge.net/)软件,对小地老虎转录组数据进行组装。最终组装得到转录组243.4 M,最长序列27.4 K,平均长度0.6 K,N50 0.7 K,denove转录组组装结果GC含量为39.66%(表2)。使用TransDecoder对转录组进行ORF预测,并去冗余后,得到37 744个unigenes。转录组组装长度频数分布(图1),图1-A为转录本(Transcripts)组装长度频数分布,在200-500范围内的转录本比例最多,为67.59%,其次为在500-1 000范围内的转录本比例为22.03%。图1-B为Unigenes组装长度频数分布,在50 0-1 000范围内的转录本比例最多,为33.83%,其次为在200-500范围内的比例为30.29%。
图表编号 | XD00106188300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.10.26 |
作者 | 郑伟刚、靳明辉、Swapan Chakrabarty、肖彬、萧玉涛、袁海滨 |
绘制单位 | 吉林农业大学农学院、中国农业科学院农业基因组研究所、中国农业科学院农业基因组研究所、中国农业科学院农业基因组研究所、中国农业科学院农业基因组研究所、中国农业科学院农业基因组研究所、吉林农业大学农学院 |
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