《表2 紫花报春苣苔的转录本及Unigene的长度统计情况》

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《紫花报春苣苔差异表达基因分析及离子转运蛋白基因挖掘》

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利用Illumina HiSeq 2500平台进行紫花报春苣苔的叶片转录组测序，ZR、ZS分别表示在红壤、石灰土中采集得到的样品，4个测序样品去掉低质量Reads，得到的干净读序（Clean reads）范围在4.624×108～5.679×108万条之间，过滤后序列长度范围在6.94～8.52 G之间，G20值均大于97.8%，G30值都大于94.13%（表1；图1）。利用Trinity软件组装Contig片段，紫花报春苣苔叶片转录组测序共获得245 445个转录本（Transcript），它的平均长度为948 bp，N50为1 569 bp。每个基因中最长的转录本被当作该基因的Unigene，共获得176 491个Unigene，它的平均长度为1 201 bp，N50值为1 718 bp（表2）。测序结果还发现，紫花报春苣苔Unigene与转录本的长度分布情况并不一致，Unigene长度主要以大于500 bp的片段为主，其中大于1 000 bp的长片段所占的比例为44%，转录本长度则主要以小于500 bp的短片段为主，短片段在总转录本中所占的比例为45.16%。转录组测序结果表明紫花报春苣苔叶片4个测序样品的数据质量都很高，可完全满足后续的分析。