《表1 6株干酪乳杆菌CRISPR序列情况》

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《干酪乳杆菌CRISPR基因座分析》

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本研究的6株干酪乳杆菌中均只有一个已证实的CRISPR系统，同时在干酪乳杆菌ZHANG基因组上还存在5个疑似CRISPR区域，在干酪乳杆菌ZHANG质粒上存在1个疑似CRISPR区域，在干酪乳杆菌LOCK919质粒上存在一个疑似CRISPR区域，这些区域虽然存在简单的重复间隔区，但是均只有1—2个间隔区，且不存在Cas，本研究对此不进行深入分析（表1）。分析6株干酪乳杆菌确认的CRISPR系统，发现4个cas（cas9、cas1、cas2、csn2）位于CRISPR序列侧翼。6株菌的基因组上均含有标志性基因cas9，可以确定其CRISPR系统为type-ⅡA型。CRISPR序列最长的为1 424 bp，含有21个间隔序列，最短的为762 bp，含有11个间隔序列，重复序列均为36 bp，间隔序列为28—31 bp。对Cas蛋白序列保守型的比较分析表明，这些菌株的Cas蛋白之间具有高度的相似性。包括干酪乳杆菌BD-Ⅱ、干酪乳杆菌BL23、干酪乳杆菌LC2W、干酪乳杆菌W56、干酪乳杆菌ZHANG在内的菌株，他们的Cas蛋白序列相似性均达到了100%，仅LOCK919与他们有微小差别，但相似性仍然达到90%以上（图1）。