《表3 根据转录组组装序列BLAST读取的InDel设计引物进行的PCR验证》

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《基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发》

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注:+:扩增出目标条带；-:没有扩增出目标条带；Yes:有多态性；No:无多态性；/:信息未知

对拉木加和水晶3号转录组组装序列进行BLAST比对发现的InDel随机挑选24个InDel并设计引物，分别以拉木加和水晶3号基因组DNA进行PCR扩增以后经聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测多态性（表3）。24对引物中除OS12T0118200这对引物在拉木加中未扩增出目的条带，其余23对引物在水晶3号和拉木加基因组中均扩增出目标条带，但只有9对引物在两者扩出的PCR产物经PAGE检测呈现出多态性，扩增出产物的PCR中差异InDel在两品种间验证为阳性的概率约39%。