《表5 根据原始序列Samtools读取的InDel设计引物进行的PCR验证》

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《基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发》

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注:+:扩增出目标条带；-:没有扩增出目标条带；Yes:有多态性；No:无多态性；/:信息未知

对拉木加和水晶3号测序原始序列进行Samtools提取并过滤后得到的InDel随机挑选24个InDel并设计引物，分别以基因组DNA进行PCR扩增以后经聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测多态性（表5）。24对引物除OS11T0660400未在水晶3号和拉木加中扩增出产物，其余23对引物在水晶3号和拉木加基因组中均扩增出目标条带，在23对引物中，除OS12T0244500、OS12T0517200未检测到有多态性，其余21对引物在两者扩出的PCR产物经PAGE检测呈现出多态性，差异InDel在两品种间得到验证的概率约91%。