《表2 裂皮鹅膏转录组MSDIN基因序列验证的特异性引物》

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《剧毒裂皮鹅膏转录组测序与毒肽相关基因家族分析》


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以“MSDIN”已知序列为检索条件比对,在U-nig-ene编码的氨基酸序列中进行搜索,得到符合条件的多肽氨基酸序列及Unigene编号,由Unigene编号获得相应的CDS序列。根据CDS序列在两边设计特异性引物(表2),以裂皮鹅膏cDNA为模板进行PCR扩增和测序,验证MSDIN家族基因序列的正确性。PCR体系如下:20μL反应体系:200 ng/μL的cDNA模板1μL,10μmol/L上下游引物各1μL,PCR酶(1.25 U/μL)0.5μL,2×Mix 10μL(Tks Gflex TM DNA Polymerase Low DNA,TaKaRa),加水补齐至20μL。反应条件(采用Touchdown方法):94℃预热4 min;94℃变性30 s,62℃退火20 s,72℃延伸30 s,5个循环;94℃变性30 s,55℃退火20 s,72℃延伸30 s 10个循环;94℃变性30 s,53℃退火20 s,72℃延伸30 s 20个循环(退火温度每一个循环降0.2℃)。PCR产物经切胶回收后连接到pUC19-T载体(TaKaRa),并转化大肠杆菌感受态细胞。挑选3~6个正确的转化子送华大基因进行测序验证。