《表2 研究circRNA翻译能力常用的数据库》

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《环状RNA翻译能力研究进展》


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借助计算机科学、深度测序和生物信息学分析,研究人员研发了多个人性化、可视化的circRNA数据库(表2)。它们将多个物种的circRNA的序列、可变剪切的方式、亚细胞定位、甲基化修饰和编码能力等信息进行了汇总。2016年,Chen等[48]开发了circRNAdb数据库,其是首个汇总人类可编码蛋白的circRNA信息的数据库,可以根据基因名称查询相应circRNA的ORF、蛋白特征、外显子数目、IRES和m6A基序等信息。但是,几大数据库也存在一些不足,需要进一步完善,比如各数据库对circRNA没有进行统一命名,不便于跨数据库查询circRNA信息,各数据库具有物种局限性,对非模式生物的circRNA信息收录很少。