《表1 研究circRNA翻译能力常用的预测工具》

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《环状RNA翻译能力研究进展》

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circRNA必须具备开放阅读框以及一些翻译调控元件才可以启动翻译，获得具有全长序列信息的circRNA后，需要利用生物信息学工具（表1）对其翻译能力进行多方面预测：（1）ORF（open reading frame）预测。ORFfinder可以对circRNA序列进行搜索，列出所有潜在的ORFs，并可以推导出其氨基酸序列。通常筛选含有跨越剪切位点的ORF的circ RNA，因为具有跨剪切位点ORF的circRNA与其同源线性转录本具有编码序列差异，便于后期的验证[39]。（2）circRNA翻译能力的评估。CPC2和CPAT可根据序列特征从大量候选转录本中快速识别编码和非编码转录本，对circRNA翻译潜力进行评估[40，41]；它们预测的分值越接近1，则表明circRNA翻译蛋白的可能性越大，通常综合两者预测结果确定候选circ RNA。（3）circRNA翻译启动方式预测。circRNA大部分由IRES或经m6A修饰后启动翻译，因此需要预测circRNA序列是否含有IRES或m6A基序。IRESite对文献报道和实验证实的IRES进行了汇总，当输入circRNA序列后，IRESite可以对circRNA上所有潜在的IRES进行评分并给出其在序列上的相应位置。IRESfinder基于k-mer特征识别真核细胞中RNA序列上的IRES，相比于IRESite有着较高的精确性[42，43]，SRAMP软件可基于序列特征对哺乳动物中circRNA的m6A基序进行预测[44]，m6Apred软件可对酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中circRNA的m6A基序进行预测[45]。（4）蛋白产物功能预测。pfam 32.0可用于蛋白功能预测，将circRNA的ORF理论产物序列输入pfam 32.0数据库后，数据库可根据序列同源性检索其潜在蛋白结构域，预测蛋白功能[46]。