《表2 sg RNA设计工具》

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《CRISPR基因编辑的脱靶效应应对策略综述》

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sg RNA设计工具根据算法模型对脱靶位点进行预测。张锋实验室提出一个罚数表描述错配位置对切割的影响，使用网络工具（http://crisp r.mit.edu）设计sg RNA，这个网络工具被CRISPRscan、CHOPCHOP和CRISPOR采用（Cui et al.，2018）。Root实验室的研究人员根据实验数据提出一个算法给潜在的脱靶位点排序，称为CFD指数（Cutting frequency determina tion），CFD指数在CRISPRscan、Guide Scan和CRISPOR中得到应用（Cui et al.，2018）。一些工具有自己的算法来评估sg RNA的脱靶可能性，如WU-CRISPR、CROP-IT、E-CRISPR和CRISTA等。由于单个算法模型有一些局限性，许多工具为用户提供多种模型的选择，并且输出结果中包含其他常用模型的结果。我们列出了一些能预测脱靶位点的sg RNA设计工具。不同的设计工具需要输入不同的信息（表2），有DNA序列、基因ID、基因符号等。它们针对的Cas蛋白类型也有所不同。因此，用户需要根据自己的情况选择合适的sg RNA设计工具。