《表1 玉米HD-ZIP I亚家族基因信息》

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《玉米HD-ZIP I亚家族基因鉴定及表达分析》

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根据HD-ZIP家族蛋白的HD和ZIP两个结构域的特点，基于HMM模型在玉米基因组数据库中检索，共筛选到55个符合该家族基因结构特点的多肽序列。其中，17个多肽序列仅含有HD和ZIP两个结构域，不含其他已知序列结构（或功能域），属于HD-ZIP I亚家族（表1），参考MaizeGDB Gene Data（https://www.maizegdb.org/gene＿center/gene）命名所有基因。将17个基因序列与玉米基因组比对，发现这些基因分布于玉米6条染色体上（图1），即1号、2号、4号、5号、7号和9号染色体。其中，有6个基因位于1号染色体上，4个基因位于2号染色体上，另外在4号、7号和9号染色体上分别存在2个基因，在5号染色体仅有1个基因。这些基因在DNA序列长度上差异显著，Zm HB112基因最长，为4811 bp，Zm HD66基因最短，仅为1307 bp（表1）。有趣的是，不同基因所含外显子数目基本相同，除Zm HD115基因有4个外显子外，所有基因均含有2～3个外显子（表1和图2）。这些基因的编码序列（ORF）长度差异不大，在720～1134 bp之间；翻译的氨基酸序列长度相近，在239～377 aa之间（表1）。由此可见，造成这些基因DNA序列长度差异的关键原因不是外显子的数目和长度，而是内含子序列的长度。