《表3 高羊茅HD-Zip I家族蛋白主要MEME结构域Table 3 Major MEME motif sequences in tall fescue HD-Zip I protein》

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《基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析》

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采用MEME软件预测高羊茅及水稻HOX蛋白的保守结构域，一共鉴定到5个保守的结构域[结构域宽度设置为6~50个氨基酸残基，E值（expectation value，期望值）小于1.8×10-45]，详细信息见表3。结果表明，基于保守的氨基酸结构域，可将高羊茅HOX基因划分为5个亚类。结构域1，2，3和4在Fa HOX13，Fa HOX8，FaHOX20和Fa HOX4中同时出现，且排布方式一致。结构域1，2，3在Fa HOX6，Fa HOX24和Fa HOX22中排布方式一致。Fa HOX12和Fa HOX14均只有1和2两个结构域。Fa HOX21与其他蛋白明显不同，含有最多数量的结构域，单独成为一个亚族。其他HOX蛋白，如Fa HOX25，Fa HOX5以及Fa HOX16，以结构域5开头，不同于其他亚族蛋白均是结构域1在N端。此外，结果还表明，除了β1亚族的Fa HOX5/Os HOX5，高羊茅中比水稻中多一个结构域4，大部分高羊茅HOX蛋白与水稻HOX蛋白在结构域的排布方式及数量上有很好的一致性（图2）。