《表1 辣椒HD-Zip转录因子基因家族》

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《辣椒HD-Zip转录因子家族鉴定与生物信息学分析》

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在Pfam（https://pfam.xfam.org/）中获得HD-Zip转录因子家族蛋白特征结构域，利用HMMER构建隐马尔可夫模型，从而获得辣椒HD-Zip转录因子家族候选蛋白，并进一步利用SMART检测获得到的候选蛋白是否含有HD-Zip结构域，最终得到45个含有HD-Zip结构域的辣椒蛋白。辣椒45个HD-Zip转录因子家族根据其在染色体上的位置命名：CaHDZip1～CaHDZip45。通过生物信息学方法，本研究分析了45个辣椒HD-Zip的基本信息（表1）。结果显示：45个HD-Zip转录因子蛋白大小在119～842 aa之间，平均氨基酸个数为422个，CaHD-Zip41编码的蛋白最长，有842个氨基酸；CaHD-Zip7编码的蛋白最短，仅仅有119个，GroupⅠ和GroupⅡ氨基酸相对GroupⅢ和GroupⅣ较小。等电点在4.257 6～10.554 1之间，其中GroupⅠ和GroupⅡ差异较大，GroupⅢ和GroupⅣ差异较小，基本都在5～7之间。