《表3 RNA-seq Map统计》

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《基于转录组测序对小麦抗叶锈性相关基因的筛选与分析》

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注：Useful Reads：用于比对的序列总数；Map events count：比对事件总数；Total Mapped reads：比对上参考基因组的序列总数；Total Mapped：比对上参考基因组的序列所占百分比；Multiple Mapped reads：比对到多个位置的序列总数；Multiple Mapped%：比对到多个位置的序列所

通过Bowtie2建立参考基因组索引，然后使用Tophat2(http://tophat.cbcb.umd.edu/）将过滤后的Reads比对到参考基因组上。0、1和6 d样本比对上参考基因组的序列总数分别为34 275 708、33 853 145和37 746 006，比对上参考基因组的序列所占百分比分别为71.66%、72.14%和83.01%（表3）。以上分析结果表明，试验所产生的测序序列的Mapping比例都高于70%，Mapping成功，转录组测序参考基因组选择合适，且相关实验不存在污染。