《表1 发酵样品细菌多样性指数》

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《开菲尔不同发酵时期微生物群落结构的变化》

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注：AX000x为发酵0 h细菌样品、AX024x为发酵24 h细菌样品、AX048x为发酵48 h细菌样品、AX072x为发酵72 h细菌样品、AX096x为发酵96 h细菌样品、AX0120x为发酵120 h细菌样品。

由表1可知，Coverage测序深度指数均大于99.99%，表明测序深度已覆盖到测试样品中的大部分物种，可以真实展示发酵样品中的绝大多数细菌。Chao1指数在生态学中常用来估计物种总数。Simpson指数是用来估算样本中微生物多样性的指数之一，在生态学中常用来定量描述一个区域的生物多样性，Simpson指数越小说明群落多样性越高。分析不同发酵时期的18个样本，在发酵0 h，开菲尔发酵样品的Chao1指数较大，三个0 h样品的Chao1平均数为133.95。在发酵24 h降低至98.29，说明在此发酵阶段细菌的物种总数不断减少。样品中细菌的Chao1指数逐步上升，72 h达到最大值127.12，在随后的96～120h的发酵样本中有起伏，96 h样本的细菌的Chao1指数降低至77.4，120 h时达到105.58。在整个发酵时期，细菌样本的Simpson指数波动较大，变化趋势比Chao1指数明显但是变化趋势相同。24 h样品的Simpson指数从发酵0 h的0.48降低到0.28，表明发酵开始时样本细菌群落组成较为简单。72 h样本的Simpson指数达最小值0.28，说明发酵72 h样本中细菌群落组成最为复杂。表中所列ACE指数、香农指数也反映了上述细菌群落结构的变化趋势。