《表2 实时荧光定量PCR所用引物序列》

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《低温条件下蓖麻种子萌发期转录组分析》

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将获得的有效序列与公共数据库中提交的蓖麻参考基因组进行序列比对，借助EdgeR软件对符合要求的两组数据进行差异表达基因的筛选。筛选标准为FDR（错误发生率）<0.01，FoldChange（差异倍数）>2，且p-value<0.01。通过与GO和KEEG数据库比对，对差异表达基因的类别、功能和所在通路进行注释。利用TaKaRa公司的PrimeScript TM II 1st Strand cDNA Synthesis Kit进行cDNA第一链的合成。挑选8个上调的差异表达基因（XM＿002521658.2，XM＿0-02523187.2，XM＿015714879.1，XM＿015718293.1，XM＿015726294.1，XM＿015728482.1，XM＿002514605.2和XM＿002523563.2），每个基因设计一对引物（表2），利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）对转录组测序结果的可靠性进行验证。qRT-PCR反应按照TaKaRa公司的TB Green TM Premix Ex Taq TM II（Tli RNaseH Plus）操作步骤进行。扩增程序为:95℃30 s，1个循环；95℃5 s，60℃30 s，40个循环。依据Miura等（2007）方法进行基因表达水平的定量分析。