《表1 紫斑牡丹SSR的类型, 数量及分布频率》

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《RNA-seq技术开发紫斑牡丹目的基因SSR标记》

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利用MISA软件搜索挖掘SSR标记，在紫斑牡丹种子转录组数据库中的115 922条Unigenes中共找到15 680条unigenes中含有16 900个SSR位点，发生频率为14.58%（含有SSR位点的Unigenes占总Unigenes的比值）。在有SSR位点的Unigenes中，每条Unigenes至少有1个SSR位点，1 162条Unigenes含有多个SSR位点。除了单核苷酸重复占总重复的59.14%外，在紫斑牡丹种子转录组中的SSR重复类型中，二核苷酸重复占28.61%、三核苷酸重复占11.27%、四核苷酸重复占0.44%、五核苷酸重复占0.13%和六核苷酸重复占0.41%（表1；图1）。