《表1 桃EST-SSR的类型, 数量及分布频率》
注:SSR分布频率=重复类型数量/SSR总数;开发效率=开发计引物数量/NCBI-EST总数Note:SSR distribution frequency=Repeat type numbers/total numbers of SSR;Development efficiency=Number of primers devel-oped/Numbers of the total ESTs from NCBI
根据NCBI公布的桃EST序列经去冗余后剩余70 360条,对70 360条EST序列用MISA软件进行检测后发现12 519个SSR位点,其中有1 654条EST序列含有2个或2个以上的SSR标记。本研究批量开发得到4526对SSR引物,引物开发总效率为36.15%。开发的EST-SSR引物共有159种类型,从单核苷酸到六核苷酸均有分布,重复基序类型丰富。SSR分布频率随重复基序长度的增加而降低,其中,单核苷酸和二核苷酸重复基序分布频率分别为35.80%和36.43%,占全部SSR分布频率的72.23%(表1)。
图表编号 | XD0031234100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.04.14 |
作者 | 张勇、王清明、叶宇芸、汤浩茹 |
绘制单位 | 四川农业大学园艺学院、广元市农业科学研究院、六安市农业科学研究院、四川农业大学园艺学院、四川农业大学园艺学院 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |