《表2 紫斑牡丹种子转录组中SSR重复基元类型及频率分布》

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《RNA-seq技术开发紫斑牡丹目的基因SSR标记》

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分析转录组SSR核苷酸类型可以得到，16 900个SSR位点中包含176种重复基元，二核苷酸至六核苷酸重复分别有12、60、31、17和52种；分析其百分比率可以看出，单核苷酸重复最多的基元是A和T，分别占单核苷酸总数的98.58%和总SSR重复的58.30%。二核苷酸重复最多的基元是AG/CT（1 714个，占总SSR重复的10.14%），其次是GA/TC（1 590个，占总SSR重复的9.41%）。在二核苷酸重复基元中，以AG/CT、GA/TC、AT和TA为主，占二核苷酸总数的89.64%。三核苷酸基元中以AGA/TCT、CCA/TGG和GAA/TTC最多，分别占三核苷酸总数的8.56%、8.19%和8.56%，共占总SSR重复的2.88%（表2）。