《表1 本研究所用ITS序列的物种名、标本号和序列号》

《表1 本研究所用ITS序列的物种名、标本号和序列号》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
本系列图表出处文件名:随高清版一同展现
《中国南方变绿红菇近似种类“青头菌”的物种多样性》


  1. 获取 高清版本忘记账户?点击这里登录
  1. 下载图表忘记账户?点击这里登录
注:本研究新测序的序列GenBank号以粗体显示

DNA提取采用改良CTAB法,基因组DNA和PCR产物的检测均采用1%的琼脂糖凝胶电泳法(李国杰2014)。ITS序列扩增和测序引物为ITS1和ITS4(White et al.1990),扩增产物经紫外光检测后,切胶纯化回收并送往北京博迈德基因技术有限公司进行双向测序,所得序列用Chromas v2.6.6软件检测峰图质量(http://technelysium.com.au/wp/chromas),使用DNASTAR Lasergene v11.1软件包中的SeqMan组件拼接获得高质量的完整序列(Allex 1999),并上传至G e n B a n k数据库(M T 3 3 3 2 2 9–M T 3 3 3 2 3 5,MT337523–MT337532)。利用所测序列,在GenBank和UNITE数据库中检索获取相似性较高的同源序列。将本研究所测序列、亚组内近似种类序列和组内其他分类群代表序列汇总(表1),利用Mafft v7.450软件对序列进行比对(Katoh et al.2013),通过BioEdit v7.2.5软件对比对结果进行手动调整(Hall 1999)。最大似然法(maximum likelihood,ML)系统发育分析使用RaxML v7.2.6软件(Silvestro&Michalak 2012;Stamatakis2014),碱基替换模型选择GTRGAMMA,经1 000次非参数自助法(nonparametric bootstrapping)分析获得支持度。贝叶斯似然法(Bayes)系统发育分析使用Mr Bayes v3.2.7软件(Ronquist et al.2012),核酸替代模型筛选使用MrModeltest v2.3程序在PAUP v4.0b10软件中进行。异褶组Russula sect.Heterophyllae和变绿亚组Russula subsect.Virescentinae系统发育分析选用的核酸替代模型分别为HKY+I+G和HKY+G。系统发育树使用Fig tree v1.4.4和Adobe Illustrator CS6进行可视化和编辑。