《表3 各种不同甲酯化底物在底物结合口袋的结合方式》

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《果胶甲酯酶的结构与功能研究进展》

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Fries等[15]对欧文氏菌来源的PME进行研究过程中，使用失活突变体D178A获得了PME与特异性甲基化的六聚半乳糖醛酸盐的晶体复合物。并使用了以下4种底物：底物Ⅰ-MMCCCM；底物Ⅱ-CCMMMC；底物Ⅲ-MCCCCM；底物Ⅳ-CMMMMC（寡糖序列以从非还原端到还原端的方式给出，其中M和C分别表示甲基化的聚半乳糖醛酸(Polygalacturonic acid，Gal A）和未甲基化的Gal A)对PME的底物特异性进行了研究。通过对这4种底物与酶结合方式的研究表征了酶的结合位点以及酶对不同甲基化底物的偏好性。底物Ⅰ和Ⅲ各自以相同的方式与PME结合，非还原末端位于亚位点-5位置，还原末端位于亚位点+1（活性位点指定为亚位点+1）位置。底物Ⅱ和Ⅳ的结合模式不同于底物Ⅰ和Ⅲ的结合模式，底物Ⅱ与亚位点-2至+4位置结合，而底物Ⅳ占据亚位点-1至+5位置（表3）。