《表1 CDPSs表面结合口袋P1、P2内氨基酸残基序列比对结果a》

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《环二肽合酶生物合成途径研究进展》

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随着鉴定的CDPSs序列数量日益增加，如何预测CDPSs底物特异性，合理推测其产物的问题摆在了研究人员面前.两个底物结合位点的揭示为第一种预测模型的发展奠定了基础[32].该预测模型的建立是基于已鉴定功能的CDPSs中构成P1和P2口袋的残基的多序列比对结果（表1）.其中P1口袋含8个残基（33-35-65-67-119-185-186-200，AlbC numbering），P2口袋含7个残基（152-155-156-159-204-206-207，AlbC numbering）.模型将CDPSs分为六大类:主产物分别为cyclo-（L-LeuL-Leu）（c LL），cyclo-（L-Trp-L-Trp）（cWW），cyclo-（L-CysL-Cys）（c CC），cyclo-（L-Ala-L-Glu）（cAE）的CDPSs以及主产物中只确定了一个氨基酸cyclo-（L-X-L-Glu）（cXE）和cyclo-（L-Ala-L-X）（cAX）的CDPSs.自从这项研究以来，推定CDPSs的数量增加了50%以上[33～45]，同时，模型也进一步得到了扩充，增加了主产物为cyclo-（L-Tyr-L-Tyr）（cYY），cyclo-（L-Leu-L-X）（cFX），cyclo-（L-TrpL-X）（cWX）和cyclo-（L-Cys-L-X）（cCX）等的分类[31].然而，研究人员的实验结果显示许多CDPSs的预测产物与其实际产物相差甚远，如在Li等[50]的研究中，模型预测显示WP＿078950527.1、WP＿019889609.1和WP＿063768158.1这三个CDPSs的产物为c FX，而其实际产物均为c WW.该预测模型需通过鉴定更多的CDPSs的结构及结合口袋中的氨基酸残基，同时需考虑t RNA与底物间相互作用来得到进一步的完善.