《表1 候选内参基因的引物信息》

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《柑橘黄龙病菌内参基因的筛选与评估》


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在NCBI的Genome Database中搜索“Candidatus Liberibacter asiaticus”,选择A4菌株(CP010804)的蛋白质信息。根据常用内参基因的功能注释[21],选择其中的管家基因作为候选内参基因(表1),其中包括已使用但未验证的内参基因gyrA[14]。根据选出的候选内参基因序列,在Primer3(http://p r i me r 3.u t.e e/)中设计引物。引物设计选择Nucleotide BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)结果中特异于CLas的序列,产物长度设置为80–100 bp,熔解温度设置为58.0-64.0°C[29],其余均为默认设置。每对引物通过NCBI PrimerBLAST(www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)检验特异性,“Blast expect(E)value”设置为“1 000”,“Blast word size”设置为“16”。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物序列及相关信息如表1所示。表1中同时列出基于16S rRNA基因设计的CLas特异引物HLBas/HLBr[28]。