《表2 等位基因特异性PCR标记检测引物和测序扩增引物》

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《软米基因Wx-mp在部分粳稻品种资源中的分布》

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小写字母标出的碱基为引物错配的碱基

已有研究表明，Wx-mq编码区有2个位置发生突变，分别在第4外显子有1个由G到A的突变（G-A）以及第5外显子有1个T-C的突变，本课题组发现Wx-mp仅在其编码区第4外显子有1个G-A的突变[12-13]。本课题组设计了Wx-mp等位基因特异PCR (Allelic-specific PCR，AS-PCR）检测的功能标记，用于特异检测Wx-mp第4外显子G-A的突变。为增加扩增特异性，在引物设计时3′端增加了错配碱基[13]，把突变点作为引物的3′端，在3′到5′的第3个碱基C错配为A，即5′GAACACACGGTCGACTCCAC3′，错配为5′GAACACACGGTCGACTCAAC 3′和5′GAACACACGGTCGACTCAAT 3′，详见表2。用Wx-F为共用正向引物，Wx-b-R、Wx-mp-R为反向引物对目标DNA进行独立PCR扩增。如用Wx-F和Wx-b-R引物对能扩增出377 bp的片段，并且用Wx-F和Wx-mp-R引物对不能扩增出377 bp片段，则该品种或材料携带Wx-b基因；反之，则该品种或材料含有Wx-mp基因。