《表1 候选内参基因的引物序列、扩增片段长度及扩增效率》

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《岩牡蛎正常和低盐胁迫下定量PCR内参基因的筛选与验证》


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选择延伸因子(EF1A)、甘油-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、核异质核糖核蛋白(RO21)、α微管蛋白(TUA)和β微管蛋白(TUB)5个候选的内参基因,引物通过primer 5.0(http://www.premierbiosoft com/)对岩牡蛎的转录组数据(Genbank accession:GGUV00000000)进行设计,通过琼脂糖凝胶电泳和熔解曲线分析检测引物特异性(表1)。使用Roche480进行定量分析。10μL体系为:1μL模板cDNA,0.3μL正反引物(10μmol/L),5μL 2×SYBR EVE PCR Mix(abm),3.4μL超纯水。扩增反应程序为:95℃预变性5 min;95℃变性5 s,60℃(不同引物退火温度不同)退火30 s,72℃延伸30 s,40个循环,每个样品重复3次。引物扩增效率E通过对5倍梯度稀释的cDNA进行q-PCR所得Ct值绘制标准曲线,根据公式E=(10-1/slope-1)×100%得到。