《表1 q RT-PCR基因信息和引物序列》

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《在小檗碱作用下水稻细菌性条斑病菌生理及转录反应分析》

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差异表达基因的q RT-PCR验证：为了检测转录组测序结果的准确性，根据转录组测序结果挑选了与菌体鞭毛合成、蛋白质代谢、核糖体代谢以及酶类代谢相关的11个基因（6个上调基因和5个下调基因）进行q RT-PCR验证，基因所用引物以菌株BLS256全基因组序列为参考进行设计引物（表1）。参照转录组分析样本制备的方法培养水稻细菌性条斑病菌菌体及提取其总RNA。取100 ng总RNA，用Hi Script Q Select RT Super Mix for q PCR(+g DNA wiper）试剂盒进行反转录获得c DNA。再以c DNA为模板，使用q RT-PCR试剂盒进行q RT-PCR进行定量。q RT-PCR反应体系：2×Cham Q Universal SYBR q PCR Master Mix 10.0μL、上下引物各0.4μL、c DNA1.0μL、dd H2O 8.2μL。q RT-PCR扩增条件为：95℃预变性30 s；95℃变性10 s，60℃延伸30 s，40个循环。每5 s逐步升温0.5℃，得到60～95℃的融解曲线。以16S r RNA作为内参基因，扩增结束后使用2-ΔΔCt法计算小檗碱处理组基因相对于对照组该基因的表达量。