《表1 本研究中使用的序列信息》

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《云南西部克钦湍蛙的鉴定与描述及克钦湍蛙在中国的分布讨论》

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首先使用lasergene中的sequman对原始序列进行剪切，得到长度为850 bp的片段。本实验扩增了克钦湍蛙序列，并从NCBI网站下载了部分湍蛙属物种的16S rRNA序列以及花臭蛙Odorrona schmackeri和绿臭蛙Odorrona margaretae的16S rRNA序列作为外群（表1）。使用Clustal X1.83（Thompson et al.，1997）进行序列比对。物种间的遗传距离（P-distances）使用MEGA 5计算（Tamura et al.，2011）。在MEGA 7 （Kumar et al.，2016）中筛选最适合该数据集序列演化模型进行最大似然法（Maximum Likelihood，ML）分析和贝叶斯分析（Bayesian Inference，BI）。根据BIC标准，适合本数据集的模型为GTR+G。使用MEGA 7构建最大似然树，系统进化树的测试方法为Bootstrap，重复次数设为1 000，进化距离模型选择General Time Reversible Model，Rates among sites设置为Gamma Distributed （G），分支交换算法设置为SPR level 3。使用Mr Bayes 3.2 （Ronquist et al.，2012）构建BI树，替换模型设置为GTR模型，位点间差异比率设为gamma，使用马尔可夫链-蒙特卡罗（MCMC）数据模拟技术来估算后验概率，运算2 000 000代，隔1 000代抽样一次（王勇等，2009），并通过设置参数“diagnosis”来计算2个随机起始程序的平均标准差，burn-in即为标准差在0.01以前的抽样数，BI树即根据剩余样本构建的50%一致树（consensus tree）。BI树上各分支节点的支持率以后验概率（posterior probability，PP）表示。