《表2 基因组装及预测结果》

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《宏基因组学解析蚯蚓粪中微生物种群及耐药基因的组成》

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测序结果用Readfq（V8）处理后将得到的有效数据使用MEGAHIT（V1.0.4-beta）软件组装分析.将组装得到的序列集从N连接处打断，得到不含N的片段Scaftigs.而后优化的片段采用SOAPdenovo（V2.04）进行组装.将组装后大于500bp的不含N序列片段采用Meta Gene Mark（V2.10）进行ORFs（开放阅读框）预测，并去除结果中长度小于100nt的信息.所得结果经CD-HIT（V4.5.8）去冗余后，将最初的有效数据用Bowtie（V2.2.4）软件比对至代表基因上并计算，获得最终的非冗余基因.本研究中基因组装及预测结果见表2.