《表2 基因组组装结果统计》

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《甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析》

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在上述统计结果中，只对大于100 bp的scaffold进行统计；contig统计是针对组装好的长度大于等于100 bp的scaffold内部的contig进行的统计

使用SOAP-denovo对21.71 Gb有效数据进行组装，采用K=41构建Contig和Scaffold，得到原始基因组序列，组装结果如表2所示Contig N50为552 bp，Contig最大长度达20689 bp，总长度为505182803 bp；然后利用reads之间的连接关系和插入片段大小信息，将Contigs组装成Scaffolds，Scaffold N50长度为789 bp，最大长度达到30044 bp，总长度为544460844 bp。其中，Contig N50和Scaffold N50的长度较短可能是由于马鞍藤基因组杂合率达到0.99%所导致。如图3，Contig分布的结果显示马鞍藤有1个明显的峰，结合17-mer的Survey分析得到的基因组大小，认为此峰值是14左右的纯合峰。