《表1 卵形鲳鲹基因组序列Contig和Scaffold组装统计结果》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《卵形鲳鲹基因组调研及其SSR分子标记的开发应用》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

采用SOAPdenovo 2.01对卵形鲳鲹测序基因组进行初步组装（K-mer=41），统计结果见表1。其中，Contig总长度为627.23 Mb，N50、N90分别为8.21和1.71 Mb，序列最大长度为95.96 Mb；Scalffold总长度为628.19 Mb，N50、N90分别为10.19和2.04 Mb，序列最大长度为126.91 Mb，基因组G+C含量为41.45%。选取500 bp以上的Contigs，根据其G+C分布及覆盖深度信息绘制散点图（图2），其中红色部分为散点图中点密度较大的部分。从图2右侧的Contig覆盖深度分布情况可看出，在Contig覆盖深度为47处为纯合峰，图中红色散点聚集区域是G+C的主要分布区域；图2上方的G+C含量主峰约出现在41%处，与计算得到的基因组G+C含量一致，且红色散点也分布在G+C含量为41%的附近。在Contig覆盖深度为70～110、G+C含量为30%～50%的区域和Contig覆盖深度为130～170、G+C含量为30%～50%的区域，出现小部分的G+C集中区域，推测这些区域为卵形鲳鲹基因组中的重复区域。