《表1 基因组组装结果统计》

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《甘薯近缘野生种Ipomoea Littoralis全基因组Survey分析》

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注：在上述统计结果中，只对大于100 bp的scaffold进行统计；contig统计是针对组装好的长度大于等于100 bp的scaffold内部的contig进行的统计。

通过SOAP-denovo软件对有效数据进行denovo组装，选取K=41得到最佳拼接效果，即N50值最恰当（N50为将reads按照从长到短排列后依次相加，当为总长度一半时最后加上的reads长度）[5]。组装结果如表1所示，获得contigs N50为732 bp，其中最大长度为31 860 bp，总长为466 199 686 bp；经过进一步组装后得到Scaffold N50为501 226 bp，最大长度为53 296 bp，总长为521 635 265 bp。如图2所示，I.littoralis的Contig分布具有1个明显的峰值，结合17-mer的结果，通过分析判断出I.littoralis是峰值在27左右的纯合峰。