《表1 脚手架链碱基序列：E.coli K-12琥珀酸脱氢酶sdhC基因纳米锥的设计及自组装》

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《E.coli K-12琥珀酸脱氢酶sdhC基因纳米锥的设计及自组装》

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首先改进DAEDALUS软件中的DX＿cage＿design模块，使该软件能读取sdh C基因的核酸序列。按照Waston-Crick的B型DNA双螺旋模型，每螺旋为10.5个碱基对时，DNA折叠的应力最小，所以待设计的正四面锥的每条棱应有n10.5bp（n为正整数）个碱基，且由两条订书钉单链和两条脚手架链组成。在DAEDALUS源代码中，加入一个求余函数rem(edge＿length，21），检测每条棱的碱基数是否为21bp的整数倍，如果不是，程序则会自动在棱上增加5、10或11个碱基。同理，DAEDALUS输出订书钉链也会尽量接近n21bp，以保证核酸自组装时不产生过度弯曲[11]。理论上DAEDALUS允许输入脚手架链的碱基个数没有限制，但是源代码中的参数均依照M13mp18单链DNA(7249bp）设定。为重新设定计算参数，对sdh C基因序列进行了上下游延伸处理，即在sdh C基因序列上下游各补充117bp，其基因图谱如图1所示，总长为624bp，其中118～507bp为sdh C基因。将该624bp的碱基序列作为脚手架链输入DAEDALUS软件，脚手架链序列如表1所示。经过计算正四面锥各棱含有两组碱基数为52bp的DNA双链，图1中的箭头表示折叠后每条棱对应的碱基位置，AD棱的碱基序列包括（1，33）、（606，624）、（138，189）；CD棱包括（34，86）、（503，553)；BD棱包括（87，137）、（242，294)；AB棱包括（190，241）、（348，399)；BC棱包括（295，347）、（452，502)；AC棱包括（400，451）、（554，605）。