《表2 海萝转录组测序整体情况》

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《海萝抗氧化酶系与失水响应因子表达模式分析》


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对海萝测序得到的clean reads进行过滤后发现,除T7-e外,所有样本的HQ quality clean reads占比均大于98%。将得到clean reads进行序列组装后,得到32 681条基因,N50为1 238 bp,平均GC含量为55.32%,组装得到的Unigenes平均长度为799 bp(表2),数据组装效果理想。将拼接获得的Unigenes进行功能注释后发现,共有12 813条Unigenes获得注释信息,19 868条基因暂无注释信息(表2)。利用BLASTX将Unigenes序列与Nr数据库进行比对后,确定其同源序列所属物种,统计比对到各个物种的同源序列数量发现(图2),海萝转录组组装得到的Unigenes其同源数目最多的物种是皱波角叉菜(Chondrus crispus),其次是另外一种可在极端环境中生存的红藻(Galdieria sulphuraria)。