《表1 甘蓝型油菜DELLA基因家族的序列信息》
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《甘蓝型油菜全基因组DELLA蛋白基因家族的鉴定和表达分析》
以Pfam数据库中PF12041为种子序列,在甘蓝型油菜基因组数据库(E-value=1e-5)中进行DELLA蛋白家族基因的筛选,分别用NCBI-CDD和ExPASy在线软件进行结构域鉴定,保留含有DELLA结构域的蛋白,最终获得13个甘蓝型油菜DELLA基因成员(表1)。这些基因编码区序列和对应的蛋白序列长度最短的为186bp和61aa(BnaC07g28840D),最长的有1719bp和572aa(BnaA06g34810D)。其中,这些蛋白的分子量(MW)在5962.58Da(BnaC09g52270D)和62 396.56Da(BnaA06g34810D)之间,而等电点(pI)值在4.22(BnaC07g28840D)到9.56(BnaA02g12260D)。这些基因被定位到19条染色体中的8条染色体上(图1),其中A02(1个)、A05(1个)、A06(1个)、A09(2个)、A10(1个)、C05(1个)、C07(2个)和C09(1个),及chrC09_random上1个和chrCnn_random有2个。从这些结果可以看出基因在染色体上的分布不均匀,并没有呈簇排列,在全基因组加倍过程中,一些同源基因可能发生丢失或扩张。
图表编号 | XD0083367300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.06.01 |
作者 | 贾永鹏、李开祥、昝领兄、姚艳梅、杜德志 |
绘制单位 | 青海大学、青海省农林科学院、青海省春油菜遗传改良重点实验室、国家油菜改良中心青海分中心、农业部春油菜科学观测实验站、青海省春油菜研究开发中心、青海大学、青海省农林科学院、青海省春油菜遗传改良重点实验室、国家油菜改良中心青海分中心、农业部春油菜科学观测实验站、青海省春油菜研究开发中心、青海大学、青海省农林科学院、青海省春油菜遗传改良重点实验室、国家油菜改良中心青海分中心、农业部春油菜科学观测实验站、青海省春油菜研究开发中心、青海大学、青海省农林科学院、青海省春油菜遗传改良重点实验室、国家油菜改良中心青海分中 |
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