《表4 甘蓝型油菜、拟南芥、甘蓝、白菜和水稻NBS-LRR家族的密码子偏好性》

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《甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族的鉴定及密码子偏好性分析》

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注：T3s：第三位碱基T含量；C3s：第三位碱基C含量；A3s：第三位碱基A含量；G3s：第三位碱基G含量；CAI:CAI密码子适应指数；ENC：有效密码子数；GC3s：第三位碱基C或G含量；GC:GC含量；FOP：最优密码子使用频率；下同

利用CodonW软件处理已获取的上述五个物种NBS-LRR家族基因及甘蓝型油菜的Hsf家族基因的CDS序列，分析显示，甘蓝型油菜NBS-LRR抗病基因G+C变化范围为0.34～0.50，同义密码子第三位出现G和C的可能性范围为0.28～0.58，其ENC范围为37.76～61.00，CAI范围为0.12～0.25（表4）。通过比较可发现，甘蓝的抗病基因ENC指数范围与甘蓝型油菜相同，而水稻的变化范围差异较大，为31.57～61.00。初步推测，甘蓝型油菜和甘蓝在密码子的使用偏好上较为相似。另外，我们分析了甘蓝型油菜的NBS-LRR基因家族与Hsf基因家族的密码子组成及使用参数，结果显示甘蓝型油菜的Hsf基因ENC变化范围比NBS-LRR抗病基因的更小，为46.81～61.00（表4）。由此可判断，甘蓝型油菜的Hsf基因对密码子的偏好性较弱。