《表2 序列比对结果：eEF2K蛋白同源模建及其抑制剂小分子的虚拟筛选研究》

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《eEF2K蛋白同源模建及其抑制剂小分子的虚拟筛选研究》

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通过BLAST程序搜索得与eEF2K蛋白同源性较高的蛋白晶体5KS5、3PDT、3LKM、3LMH，其相关参数见表1（蛋白名称后的“A”表示该晶体有一条A链，下同）。其中，“最大分”和“总分”均为蛋白晶体结构评价值，两者值越高表明晶体结构越优；“覆盖率”为序列覆盖率，其值越大表明晶体结构越优；“E”值为相似性分值远离理论值可能性的概率，该值越低表明序列相似性越高；“I”值表示序列经BLAST比对的同源性，其值越高表明晶体同源性越好[19]。以上述4个蛋白作为预选模板蛋白的序列比对结果见表2。经筛除修饰后，3PDT的同源性和相似性最高，故将其作为模板蛋白进行同源模建。选取构建的10个蛋白模型中的最优模型（PDF total energy为1 316.46、DOPE score为-688.31）进行后续研究。