《表4 苋菜AtPAL基因密码使用偏好性与5种常见模式生物基因组密码子使用偏好性比较》

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《苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析》

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注:下划线表示比值>2或<0.5。

不同物种的密码子使用频率比值可以反映出物种间密码子使用偏性的差异，若比值大小在0.5～2则代表物种间密码子偏好性比较相似，若不在这个范围内则表示物种间的密码子偏性差异较大[14]。大肠杆菌是常见的原核表达系统，酵母菌是常见的真核表达系统，拟南芥、烟草、番茄则常作为遗传转化的受体，表4列出了苋菜AtPAL基因密码子使用频率与大肠杆菌、酵母菌、拟南芥、烟草、番茄等生物密码子使用频率的比值，结果显示，大于2或小于0.5的比值个数分别有:拟南芥8个、烟草10个、番茄13个、大肠杆菌20个、酵母菌17个，即说明对于拟南芥、烟草、番茄3种模式生物而言，拟南芥基因组密码子的使用偏性与苋菜AtPAL基因密码子的使用偏性差异最小，因此拟南芥是3种模式植物中最适合作为苋菜AtPAL基因遗传转化受体的植物；而对于大肠杆菌和酵母菌而言，酵母表达系统要优于大肠杆菌表达系统，即酵母菌更适合作为苋菜AtPAL基因的表达载体。