《表3 不同物种间PAL基因密码子使用偏性的欧式平方距离系数》

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《苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析》

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注:数字1～15分别代表:苋菜Amaranthus tricolor、菠菜Spinacia oleracea、甜菜Beta vulgaris、康乃馨Dianthus caryophyllus、杏Prunus armeniaca、拟南芥Arabidopsis thaliana、烟草Nicotiana tabacum、毛白杨Populus tomentosa、番茄Solanum lycopersicum、葡萄Vitis vinifer

基于15种不同物种的RSCU值，利用SPSS软件计算不同物种间的欧式平方距离系数，欧式平方距离系数的数值越大，则表示物种间相关基因密码子使用偏好性差异越大，所得结果如表3所示。结果表明，任意一种双子叶植物与任意一种单子叶植物（水稻、甘蔗、玉米、高粱）间的欧式平方距离系数均较大，说明PAL基因密码子使用偏好性在单子叶植物和双子叶植物之间存在很大的差异。但11种双子叶植物两两之间或是4种单子叶植物两两之间，其欧式平方距离系数均较小；同属石竹目的4个物种（苋菜、甜菜、菠菜、康乃馨）两两之间的欧式平方距离系数都在14.000以下，同为藜科的甜菜和菠菜之间的欧式平方距离系数只有6.088，同属禾本科的甘蔗、玉米、水稻、高粱两两之间的欧式平方距离系数也均在11.000以下，而亲缘关系远的物种间的欧式平方距离系数普遍相对较高，说明PAL基因密码子使用偏好性与物种间的亲缘关系有一定的联系，亲缘关系近的物种往往密码子使用的偏好性差异也较小，但并不绝对，比如属于杨柳科的毛白杨与属于藜科的菠菜，两者在亲缘关系上相差较大，但欧式平方距离系数却只有5.845，表示两者PAL基因在密码子的使用偏好性上差异较小，这说明一些物种在进化过程中其PAL基因可能会形成独特的密码子使用偏好性。